Morsi là đại biểu Quốc hội từ 2000 đến 2005, ông được bầu là một ứng cử viên độc lập bởi vì về kỹ thuật Hội Huynh đệ Hồi giáo bị cấm hoạt động dưới thời Tổng thống Hosni Mubarak. Ông là thành viên của Văn phòng Hướng dẫn của Hội Huynh đệ Hồi giáo cho đến khi thành lập Đảng Tự do và Chính nghĩa năm 2011, tại thời điểm đó, ông được tổ chức này bầu là chủ tịch đầu tiên của đảng mới.Sau khi Khairat El-Shater bị loại khỏi cuộc bầu cử tổng thống năm 2012, Morsi do là ứng cử viên dự bị, đã trở thành ứng cử viên chính thức mới của Huynh đệ Hồi giáo[26].Quân đội đã đảo chính và lật đổ ông vào ngày 3 tháng 7 năm 2013.[27]

Ngày 21/4/2015, một tòa án tại Ai Cập đã kết án cựu Tổng thống Mohammed Morsi 20 năm tù liên quan tới việc giết hại người biểu tình trong thời gian ông nắm quyền. Đây là phán quyết đầu tiên mà ông phải đối diện kể từ sau khi bị lật đổ, và là một trong một số các phiên tòa ông sẽ phải ra hầu.[28]